После захвата самолетов, некоторые пассажиры смогли воспользоваться спутниковым телефоном самолета, а также своими мобильными телефонами[12][13], и сообщить о захвате. По их сообщениям террористы использовали холодное оружие (возможно, офисные ножи и складные бытовые ножи), в результате чего погибло несколько бортпроводников, как минимум один пассажир, и как минимум один пилот, КВС рейса 11 Джон Огоновски.[14] Кроме того, террористы использовали газовые баллоны (слезоточивый газ или перцовую вытяжку) на рейсах 11 и 175.[15] В трех случаях террористы угрожали взрывом самолета, но расследование показало, что вероятнее всего террористы не имели при себе взрывных устройств.